Ο Λευκός Πύργος χτίστηκε από τους Οθωμανούς στα τέλη του 15ου αιώνα, πιθανότατα μεταξύ 1450 και 1470, μετά την κατάληψη της Θεσσαλονίκης το 1430. Αποτελούσε το νοτιοανατολικό άκρο της θαλάσσιας οχύρωσης της πόλης.Στην ιστορία του έλαβε διάφορα ονόματα, αλλά το πιο διαβόητο ήταν το «Κανλί Κουλέ» (Kanli-Kule), δηλαδή ο «Πύργος του Αίματος», τον 19ο αιώνα. Η ονομασία αυτή οφειλόταν στο γεγονός ότι χρησίμευε ως φυλακή βαρυποινιτών και τόπος συχνών εκτελέσεων από τους Γενίτσαρους. Η σημερινή του ονομασία οφείλεται σε μια πράξη «εξιλέωσης» του 1890 (ή 1883), όταν ένας Εβραίος κατάδικος, ο Ναθάν Γκουελεντί, προσφέρθηκε να ασπρίσει τον Πύργο με ασβέστη, σε αντάλλαγμα για την ελευθερία του. Αυτή η πράξη, που συμβόλιζε τον καθαρισμό, του έδωσε το όνομα Λευκός Πύργος (Μπεγιάζ Κουλέ). Μετά την απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης το 1912, περιήλθε στο Ελληνικό Δημόσιο και λειτούργησε με διάφορες χρήσεις πριν γίνει το σημερινό μουσείο πόλης.